Institut za ekonomiku poljoprirede kontinuirano učestvuje i u realizaciji dugoročnih projekata Ministarstva nauke i zaštite životne sredine i projekata prilagođavanja agrarnog sektora koje Ministarstvo poljoprivrede, šumarstva i vodorivrede Republike Srbije sprovodi u procesu priključenja zemlje Svetskoj trgovinskoj organizaciji (STO) i Evropskoj uniji (EU).